A rede de farmácias São Bento enfrentou diversas denúncias, quando Luiz Fernando Buainain presidia o grupo, além de contrair uma dívida de R$ 73 milhões. O empresário foi escolhido pelo prefeito eleito, Marcos Marcello Trad (PSD), para ser secretário de Desenvolvimento Econômico.

Em 2015, o Grupo São Bento foi alvo da operação Pharmacus deflagrada pelo DECO (Delegacia Especializada de Combate ao Crime Organizado), Decon (Delegacia Especializada de Repressão aos Crimes Contra as Relações de Consumo) e Vigilância Sanitária. A rede foi investigada por supostamente revender cargas de medicamentos roubados em Minas Gerais.

Durante a Operação Pharmacus, foram apreendidas cerca de mil unidades de remédios de origem duvidosa. Conforme informações da polícia, os medicamentos eram comercializados com até 17% de desconto.

Em 2009, a Enersul encontrou um “gato” de energia em uma das lojas da rede São Bento. Foi verificado que, durante seis meses, a empresa desviou o equivalente a R$ 4.588 mil. Durante vistoria, a Enersul detectou três lacres rompidos e um número de série no vidro do medidor incompatível com os registros da concessionária.

Em janeiro de 2015, a Rede declarou uma dívida estimada em R$ 73 milhões, divididas entre as empresas São Bento Comércio de Medicamentos e Perfumaria Ltda, Distribuidora Brasil de Medicamentos Ltda, Transmed Distribuidora de Medicamentos Hospitalares Ltda e 6F Participações e Empreendimentos Ltda (holding).